Bonne nuit Pupun nous raconte les aventures du quotidien d’un jeune garçon de cm1 nommé Punpun. La fille qu’il aime vient de quitter son école mais fort heureusement une nouvelle vient d’arriver : elle s’appelle Aiko et il en est fou amoureux. Sa vie bascule le jour où son papa est envoyé en prison pour ses accès de violence sur la maman de Punpun qui finit l’hôpital, son oncle est donc venu emménager chez lui. Ses journées son partagées entre les cours, les moments complices avec Aiko et ses copains avec qui il découvre les mystères de la sexualité.
Un beau jour en regardant une vidéo X ils tombent sur le testament d’un meurtrier leur avouant qu’il a caché les corps de ses victimes avec un grosse somme d’argent dans une vieille usine pour quiconque les trouverait et révélerait la vérité... Punpun ayant besoin d’argent pour suivre Aiko qui ne peut plus supporter les bizarreries de sa famille, il décide d’y aller suivis de ses amis et d’Aiko. Pour Punpun et ses amis c’est le début d’une nouvelle aventure !
