Alors qu'il vivait heureux dans le village de Kokiri au sein de la forêt, le jeune Link doit entreprendre une quête pour sauver le vénérable arbre Mojo. Mais à peine a-t-il la fabuleuse épée Excalibur entre ses mains que Link se retrouve plongé dans un profond sommeil qui l'immobilise pendant 7 ans.
À son réveil, le visage du royaume d'Hyrule a profondément changé. Plongé dans les ténèbres par l'infâme Ganondorf, le pays n'est plus qu'une ombre en proie aux démons et maléfices. Seul le héros du temps, peut encore sauver le monde... mais il a bien changé en sept ans !
